سومین مرحله از مراحل آماده سازی بافت، شفاف سازی بافت (clarification) است. با وجود این که پس از اتمام مرحله آبگیری، بافت به طور کامل آب خود را از دست داده است ولی هنوز نمی توان آن را توسط پارافین آغشته سازی کرد چرا که پارافین و اتانول غیر قابل امتزاج هستند. بنابراین نیاز به محیط حد واسطی هستیم که هم قابلیت امتزاج با پارافین و هم با اتانول را داشته باشد. در ضمن با انجام عملیات آبگیری، بافت شفافیت خود را از دست می دهد بنابراین باید از محلول هایی استفاده کرد که بتوانند الکل موجود در بافت را خارج کرده و به آن شفافیت بدهند یعنی ضریب شکست نور آن مشابه پروتئین ها باشد. این محلول ها باید دارای قابلیت حل شدن در الکل استفاده شده در مرحله قبل را داشته باشد. مانند حلال های هیدروکربن نظیر کلروفرم، تتراکلرو کربن، گزیلول (زایلین) و یا بنزن.
در اغلب آزمایشگاه ها از گزیلول خالص استفاده می شود. چرا که گزیلول عملکرد سریع و مناسبی برای شفاف سازی بافت دارد، در ضمن ارزان بوده و آلودگی زیادی ایجاد نمی کند.
روش کار به این صورت است که بعد از الکل مطلق، در تیشو پروسسورها ۲ یا ۳ ظرف گزیلول گذاشته می شود. زمان لازم برای شفاف سازی ۴ ساعت است که در صورت لزوم می توان آن را تا دو برابر افزایش است.
به دلیل سمی بودن و بوی بد گزیلول می توان به جای آن از مخلوط 80/20 اتانول/ایزوپروپانول و یا ایزوپروپانول خالص استفاده نمود. البته برای موفقیت این روش نیازمند استفاده از پارافین با دمای بالا هستیم تا بتوان ایزوپروپانول را کاملاً از بافت خارج کرد.